上海交通大学口腔医学院前身是建立于1932年的震旦大学牙医系。1952年院系调整时，建立了上海第二医学院口腔医学系，是新中国成立之后全国最早建立的四个口腔医学系之一。在此基础上，于1987年成立了上海第二医科大学口腔医学院。2005年7月，上海第二医科大学归并入上海交通大学，10月，上海第二医科大学口腔医学院正式改名为上海交通大学口腔医学院（College of Stomatology， Shanghai Jiao Tong University）。 

口腔医学院确立以德育教育为核心，以培养实践能力和创新精神为重点和适应社会主义现代化建设实际需要的德智体美劳全面发展的具有医学和口腔医学专业理论知识和实际工作能力的高级口腔医学临床专门人材。坚持以邓小平理论和党的十七大精神为指导，立足于成为亚洲口腔医学中心的目标，满足人民日益增长的医疗卫生需要，开创适应社会主义市场经济体制的教学管理模式，进一步提高教学水平，努力构建成为拥有一流学科、一流人才、一流学术水平、具有时代特征、中国特色、上海特点的新型社会主义的口腔医学教学单位。 
 
目前，口腔医学院设有6个口腔临床教研室，分别是口腔颌面外科学教研室、口腔内科学教研室、口腔修复学教研室、口腔正畸学教研室、口腔儿童教研室、口腔预防教研室。口腔基础教研室1个，涵盖口腔生理学、口腔解剖学、口腔临床免疫学、口腔药理学、口腔生物学、口腔组织病理学、口腔材料学等8个教学组，另设医学英语教研室1个。 
 
口腔颌面外科学为国家“211工程重点学科、上海市重点学科、上海市教委精品课程、全国高等医学院校专业统编教材《口腔颌面外科学》主编单位，中华口腔医学会口腔颌面外科学专业委员会主任单位。另外，医学院还拥有上海市首批医学领先学科1个-口腔内科学，上海交通大学医学院重点学科1个-口腔修复学，上海交通大学医学院精品课程建设项目4项-口腔颌面外科学、口腔黏膜病学、口腔修复学、口腔正畸学。设有上海交通大学医学院口腔医学临床实训基地1个、临床医学实训基地1个，口腔教学实验室1个，医学多媒体课件数据库1个。 
 
口腔医学院现有中国工程院士1名：邱蔚六教授为中国口腔医学界唯一的工程院院士。上海交通大学医学院终身教授2名：口腔内科刘正教授和口腔修复科薛淼教授。博士生导师24名，分别是口腔颌面外科邱蔚六、张志愿、沈国芳、张陈平、王国民、杨驰、孙坚、郭伟、王中和、郑家伟、陈万涛教授，口腔内科刘正（牙体牙髓病）、周曾同（口腔黏膜病）、梁景平（牙体牙髓病）、束蓉（牙周病）、李德懿（牙周病）、朱亚琴（牙体牙髓病）教授，口腔修复科张富强教授，口腔预防、儿童科冯希平教授，口腔正畸科沈刚教授，口腔病理科李江教授，口腔材料测试中心薛淼、孙皎、陈德敏教授。上海交通大学医学院教授6名，分别是邱蔚六教授、张志愿教授、张陈平教授、周曾同教授、张富强教授和孙皎教授。 
 
随着1979年与世界沟通的大门开启，口腔医学院每年都有大批的外国同行慕名而来。迄今已有美、日、法、韩、英、澳、德、中国香港、澳门、台北等39个国家（地区）来院参观访问，并与日本大阪齿科大学、美国哈佛大学牙医学院、法国马赛大学牙医学院等13所国际知名院校建立了长期、友好的校际关系，并开展了广泛的科研合作。同时，口腔医学院曾多次成功主办承办大型国际学术性国际会议。学院的知名度愈来愈享誉海内外。 
 
2001年，经上级单位批准，医学院停招5年制本科生，开始正式招收7年制本硕连读生。2008年，在院口腔七年制学生227人，其中留学生31人（01级36人，02级36人，03级43人，04级56人，05级56人）。 成人教育班共有学生150人。口腔七年制必修课28门，指定选修课6门，共991学时，安排实习50周。口腔三年制硕士生选修课4门，120学时。口腔专科生必修课10门，488学时。口腔专升本必修课13门，524学时。